کتابخانه بیمارستان مطابق ساختار تشکیلاتی بیمارستان‌های دانشگاه‌های علوم پزشکی و مراکز درمانی تحت پوشش وزارت بهداشت، درمان و آموزش پزشکی اعم از دولتی و خصوصی دارای تشکیلات مشخص و مستقل از نظر مدیریت، نیروی انسانی، منابع مالی، ارائه خدمات و فضای فیزیکی است. مدیریت کتابخانه به طور مستقیم به مدیران بیمارستان و سازمان مادر حسب نیاز و یا بر اساس اعتباربخشی و ارزیابی سالیانه گزارش می‌دهد.
 
کتابخانه بیمارستان دارای خدمات منحصر به فرد و تخصصی است، که در زمینه ارائه خدمات کتابخانه و اطلاع رسانی پزشکی به کاربران خود پاسخگو است. همچنین نیازهای اطلاعاتی و آموزشی بیماران و خانواده آنها را فراهم می‌نماید.